Saksalaiset joukot marssivat kohti Pariisia, mutta saksalainen pakolainen, Georg (Franz Rogowski) ehtii paeta Marseilleen viime hetkellä. Georg kantaa matkatavaroissaan itsemurhan tehneen kirjailija Weidelin asiakirjoja, joiden turvin hän väärentää henkilöllisyytensä. Marseille on kuitenkin vain välietappi. Weidelin papereiden seassa on kirjeitä sekä Meksikon suurlähetystön vakuutus viisumista. Uuden henkilöllisyytensä avulla Georg yrittää saada paikan Meksikoon matkustavasta laivasta. Pakolaiset puivat suunnitelmiaan hotellien käytävillä, konsulaattien odotustiloissa sekä sataman kahviloissa ja baareissa. Suunnitelmat kuitenkin muuttuvat, kun Georg tapaa salaperäisen Marien (Paula Beer), joka etsii kadonnutta aviomiestään - kirjailija Weideliä.

 Transit perustuu Anna Seghersin samannimiseen romaaniin, jonka hän kirjoitti maanpaossa.