Yhtäkkiä, kesken rauhallisen päivän Tokionlahdella tapahtuu onnettomuus, kun outo vesisuihkulähde purkautuu. Onnettomuus synnyttää paniikkia ja hallitus kokoontuu hätäistuntoon. Tuhon aiheuttajaksi epäillään aktiivista tulivuorta, kunnes yksi virkamiehistä uskaltaa epäillä syyksi jotain muuta – jotain elävää. 

Hänen pahimmat painajaisensa käyvät toteen, kun lahden syvyyksistä nousee jättiläismäinen hirviö, Godzilla. Se repii kaupunkia palasiksi jättäen jälkeensä mittavat tuhot. Hallituksen ja puolustusvoimien keskittyessä kansalaisten pelastamiseen vapaaehtoisten muodostama joukko yrittää selvittää hirviön voimien lähdettä. Aika ei kuitenkaan ole heidän puolellaan: ihmiskunnan suurin katastrofi on tapahtumassa juuri heidän silmiensä edessä. 

Vuoden 1954 debyyttinsä jälkeen Godzilla on terrorisoinut valkokankailla yli 30:ssä japanilaisessa elokuvassa ja palaa jälleen vuosien tauon jälkeen. Godzillan paluu on toistaiseksi alkuperäissarjan menestynein elokuva, jonka on nähnyt yli 7 000 000 katsojaa. Elokuva pysytteli Japanin katsotuimpana elokuvana useita viikkoja ja oli ilmestymisvuotensa toiseksi katsotuin elokuva.